Francesco de Borja perseguitato dall'Inquisizione
L'inclusione di alcuni suoi scritti insieme a quelli di altre persone, interrogate dall'Inquisizione, provocò la sua persecuzione.
Nel dicembre 1557, dal suo confino a Yuste, Carlo V chiamò il suo vecchio favorito, Francesco de Borja. In prima persona, verifica che l'imperatore non abbia una buona opinione della Compagnia di Gesù. L'arcivescovo di Toledo, Silíceo, e il teologo Melchor Cano hanno avvelenato il buon nome dei gesuiti con i loro commenti.
Il ritorno di Filippo II in Spagna nel 1559, alla morte di Carlo V, presuppone nuovi e seri problemi per Francesco de Borja, che non gode della stima del nuovo monarca.
Sono tempi di lotta contro l'introduzione delle nuove correnti luterane. L'inquisitore generale Alonso Valdés, arcivescovo di Siviglia, perseguita gli eretici al punto da arrestare e imprigionare Bartolomé de Carranza, arcivescovo di Toledo. Francesco de Borja difende pubblicamente Carranza e questo precipita gli eventi.
I Gesuiti, con a capo Francesco de Borja, sono chiamati ad assistere spiritualmente gli accusati nell'Auto de Fe di Valladolid, nel maggio 1559. Ana Enríquez, cognata di sua figlia, è una delle persone processate.
Pochi mesi dopo, alcune sue opere sono raccolte in un unico volume insieme ad altre descritte come eretiche. Tale pubblicazione va a ingrossare l'Indice dei libri proibiti dall'Inquisizione. In realtà, non c'è nulla di eretico negli scritti di Francesco de Borja, ma è un'ottima opportunità per Alonso Valdés di agire contro di lui e contro l'Ordine.
La fama di Francesco è messa in discussione e l'ombra della prigione incombe sull'ex duca di Gandía. Prima che ciò accada, i suoi più stretti collaboratori preparano la sua fuga. Approfittando di una richiesta del re Enrico III del Portogallo, Francisco riesce ad uscirne protetto dalla segretezza e dall'oscurità. La tua destinazione sarà Évora.
