Francisco de Borja perseguido por la Inquisición
La inclusión de unos escritos propios junto a otros ajenos, puestos en duda por la Inquisición, provoca su persecución.
En diciembre de 1557, desde su encierro en Yuste, Carlos V llama a su antiguo favorito, Francisco de Borja. En primera persona comprueba que el emperador no tiene una buena opinión de la Compañía de Jesús. El arzobispo de Toledo, Silíceo, y el teólogo Melchor Cano han envenenado con sus comentarios el buen nombre de los jesuitas.
El regreso de Felipe II a España en 1559, una vez fallecido Carlos V, supone nuevos y graves problemas para Francisco de Borja, que no goza de la estima del nuevo monarca.
Son tiempos de lucha contra la introducción de las nuevas corrientes luteranas. El Inquisidor General Alonso Valdés, arzobispo de Sevilla, persigue a los herejes hasta el punto de detener y encarcelar a Bartolomé de Carranza, arzobispo de Toledo. Francisco de Borja defiende a Carranza públicamente y esto precipita los acontecimientos.
Los jesuitas, con Francisco de Borja a la cabeza, son reclamados para asistir espiritualmente a los acusados en los Auto de Fe de Valladolid, en mayo de 1559. Ana Enríquez, cuñada de su hija, es una de las procesadas.
A los pocos meses, algunas de sus obras son incluidas en un volumen único junto con otras calificadas de heréticas. Tal publicación pasa a engrosar el Índice de libros prohibidos por la Inquisición. En realidad, nada hay de herético en los escritos de Francisco de Borja, pero es una ocasión inmejorable para que Alonso Valdés actúe contra él y contra la Orden.
La fama de Francisco queda en entredicho y la sombra de la cárcel se cierne sobre el antiguo duque de Gandía. Antes de que esto suceda, sus más afines le preparan la huida. Aprovechando un requerimiento del rey Enrique III de Portugal, Francisco consigue salir amparado por la clandestinidad y la oscuridad. Su destino será Évora.
